Ese es un efecto muy común
cuando existe una bolsa de aire "alojada" en el circuito de filtrado (en las tuberías, en el filtro, en la bomba, en el....)
Normalmente esa "bolsa" de aire se produce porque el nivel del agua de la piscina esta bajo y cuando estamos filtrando por los skimmers además de agua, esta entrando aire
Para evitar este efecto haz lo siguiente:
Rellena el nivel de agua de la piscina de tal modo que las tres cuartas partes de la "boca" de los skimmers estén cubiertas por el agua.
Pon la filtración en marcha al menos 4-6 horas para que se expulsen todas las bolsas de aire y burbujas que pueda haber en el circuito hidráulico.
Pasado este tiempo para la filtración. Verifica que el agua ya no debe retroceder por los skimmers al parar la filtración
Si el agua todavía retrocede por los skimmers entonces es que todavía quedan bolsas de aire
y tienes que repetir el proceso.
Para evitar en el futuro este problema vigila que el nivel del agua de la piscina siempre sea el correcto(boca de los skimmers cubierta siempre mas de la mitad) , o instala un sistema de rellenado automático
Saludos